Khoa CNTT của HVKTQS hiện là cơ sở đào tạo đa hệ, từng bước đa ngành có nhiệm vụ đào tạo, bồi dưỡng chuyên viên CNTT bậc học Cao đẳng, Đại học và sau đại học:

- Đào tạo chính qui tập trung 3 năm đối với hệ Cao đẳng.
- Đào tạo chính qui tập trung 5 năm đối với hệ Đại học
- Đào tạo 2 năm đối với hệ liên thông và Văn bằng 2 Đại học.
- Đào tạo chính qui tập trung 2 năm đối với hệ Cao học.
- Đào tạo chính qui tập trung 3 năm đối với hệ Nghiên cứu sinh
- Đào tạo chính qui không tập trung 4 năm đối với hệ Nghiên cứu sinh

HVKTQS bắt đầu thực hiện thí điểm đào tạo 2 khoá KS Toán điều khiển từ 1978. Năm 1982, Đào tạo bậc Tiến sỹ chuyên ngành Toán học tính toán và Điều khiển toán học bắt đầu được thực hiện. Sự phát triển của lĩnh vực tính toán đặc biệt trở nên nhanh chóng vào cuối những năm 1980 và kết quả là sự ra đời của chương trình đào tạo chính quy dài hạn Kỹ sư Tin học (bắt đầu từ 1992).

 
Từ nhưng năm 2000, Khoa CNTT chính thức đào tạo Cao học và tiếp tục phát triển đào tạo NCS. Riêng đối với chương trình đào tạo đại học chính quy ngành CNTT, Khoa đã tích cực đổi mới thường xuyên để theo kịp với sự phát triển nhanh chóng của CNTT. Cụ thể, chương trình này được thiết kế cho khoảng thời gian 5 năm với 10 học kì; và chính thức ra đời vào năm 1992 với một chuyên ngành duy nhất là tin học với 2 hướng chuyên sâu là Kỹ thuật phần mềm và Tin học kỹ thuật.
Năm 2003, chương trình được cập nhật lại và mở rộng với 3 hướng chuyên sâu: Mạng máy tính (MMT), hệ thống thống tin (HTTT), và Khoa học máy tính và Công nghệ phần mềm (CNPM). Năm 2009, chương trình lại được cập nhật một lần nữa với việc phân chia thành 4 hướng chuyên sâu (majors): CNPM, MMT, KHTM, và HTTT. Hiện nay, Học viện thực hiện đào tạo đầy đủ theo 5 chuyên ngành: CNTT, TT&MMT, HTTT, KTPM và KHMT.

Về quy mô đào tạo, Khoa CNTT đào tạo 01 ngành cao đẳng CNTT, 02 ngành cao đẳng chất lượng cao liên kết NN, 05 ngành đào tạo đại học CNTT, 01 ngành đào tạo liên thông/văn bằng 2, 03 ngành đào tạo cao học, và 02 ngành đào tạo nghiên cứu sinh :

- Đại học ngành CNTT
- Đại học ngành CNM&TT
- Đại học ngành KHMT
- Đại học ngành KTPM
- Đại học ngành HTTT
- Cao đẳng ngành CNTT
- Cao đẳng ngành CNTT chất lượng cao liên kết APTECH
- Cao đẳng ngành CNTT chất lượng cao liên kết ARENA
- Cao học ngành HTTT
- Cao học ngành KHMT

- Cao học ngành KTPM
- Nghiên cứu sinh ngành CSTTTH
- Nghiên cứu sinh ngành Toán ứng dụng